Полигенный анализ полногеномных маркеров рассеянного склероза

Цель исследования – проведение полигенного анализа полногеномных маркеров рассеянного склероза (РС) в группах башкир, русских и татар, проживающих в Республике Башкортостан (Российская Федерация).

Пациенты и методы. Выполнено генотипирование с использованием метода аллель-специфичной полимеразной цепной реакции (ПЦР) и ПЦР с анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов по полиморфным вариантам генов дифференцировочных антигенов лейкоцитов человека CD6 (rs17824933), CD40 (rs6074022), CD58 (rs2300747), CD86 (rs9282641), факторов транскрипции SOX8 (rs2744148) и ZBTB46 (rs6062314), бета-маннозидазы MANBA (rs228614), домена лектина С-типа CLEC16A (rs12708716), рибосомальной протеин S6 киназы В1 RPS6KB1 (rs180515) и гена длинной некодирующей РНК PVT1 (rs759648) в выборке из 644 пациентов с РС и 1408 представителей контрольной группы. Мультилокусный анализ ассоциаций с заболеванием сочетаний генотипов и аллелей исследуемых полиморфных локусов проводили с применением алгоритма APSampler.

Результаты и обсуждение. Охарактеризовано распределение частот генотипов и аллелей исследуемых полиморфных локусов в этнических группах башкир, русских и татар. Обнаружены ассоциации с заболеванием полиморфных локусов CD58 (rs2300747) и RPS6KB1 (rs180515) в группе русских мужчин, CD86 (rs9282641) в группе русских женщин, PVT1 (rs759648) в группе женщин-татарок, CD40 (rs6074022) в группе мужчин-башкир, а также выявлены 19 сочетаний генотипов и/или аллелей, значимо ассоциированных с РС.

Заключение. На основании полигенного анализа полногеномных маркеров РС нами выявлены этно- и гендерспецифические комбинированные маркеры предрасположенности к заболеванию.

1. Walton C, King R, Rechtman L, et al. Rising prevalence of multiple sclerosis worldwide: Insights from the Atlas of MS, third edition. Mult Scler. 2020 Dec;26(14):1816-21. doi: 10.1177/1352458520970841. Epub 2020 Nov 11.

2. Boyko A, Melnikov M. Prevalence and Incidence of Multiple Sclerosis in Russian Federation: 30 Years of Studies. Brain Sci. 2020 May 18;10(5):305. doi: 10.3390/brainsci10050305

3. Бахтиярова КЗ, Галиуллин ТР, Лютов ОВ. Результаты 10-летнего опыта работы регионального центра рассеянного склероза. Журнал неврологии и психиатрии им. C.C. Корсакова. 2019;119(5-2):32-3.

4. Бахтиярова К, Гончарова З. Рассеянный склероз в Республике Башкортостан и Ростовской области: сравнительная эпидемиологическая характеристика. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. Спецвыпуски. 2014;114(2-2):5-9.

5. Baranzini SE, Oksenberg JR. The Genetics of Multiple Sclerosis: From 0 to 200 in 50 Years. Trends Genet. 2017 Dec;33(12):960-70. doi: 10.1016/j.tig.2017.09.004. Epub 2017 Oct 5.

6. Lvovs D, Favorova OO, Favorov AV. A polygenic approach to the study of polygenic diseases. Acta Naturae. 2012 Jul;4(3):59-71.

7. Thompson AJ, Banwell BL, Barkhof F, et al. Diagnosis of multiple sclerosis: 2017 revisions of the McDonald criteria. Lancet Neurol. 2018 Feb;17(2):162-73. doi: 10.1016/S1474-4422(17)30470-2. Epub 2017 Dec 21.

8. Животовский Л. Популяционная биометрия. Москва: Наука; 1991. 271 с.

9. Favorov AV, Andreewski TV, Sudomoina MA, et al. A Markov chain Monte Carlo technique for identification of combinations of allelic variants underlying complex diseases in humans. Genetics. 2005 Dec;171(4):2113-21. doi: 10.1534/genetics.105.048090. Epub 2005 Aug 22.

10. International Multiple Sclerosis Genetics C, Wellcome Trust Case Control C, Sawcer S, et al. Genetic risk and a primary role for cell-mediated immune mechanisms in multiple sclerosis. Nature. 2011 Aug 10;476(7359):214-9. doi: 10.1038/nature10251

11. Bahlo M, Booth DR, Broadley SA, et al. Genome-wide association study identifies new multiple sclerosis susceptibility loci on chromosomes 12 and 20. Nat Genet. 2009 Jul;41(7):824-8. doi: 10.1038/ng.396. Epub 2009 Jun 14.

12. Sokolova EA, Malkova NA, Korobko DS, et al. Association of SNPs of CD40 Gene with Multiple Sclerosis in Russians. PloS One. 2013 Apr 22;8(4):e61032. doi: 10.1371/journal.pone.0061032. Print 2013.

13. Ханох ЕВ, Рождественский АС, Кудрявцева ЕА и др. Исследование наследственных факторов предрасположенности к рассеянному склерозу и особенностей его течения в русской этнической группе. Сибирский научный медицинский журнал. 2011;31(1):113-8.

14. De Jager PL, Baecher-Allan C, Maier LM, et al. The role of the CD58 locus in multiple sclerosis. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Mar 31;106(13):5264-9. doi: 10.1073/pnas.0813310106. Epub 2009 Feb 23.

15. Hunt SE, McLaren W, Gil L, et al. Ensembl variation resources. Database (Oxford). 2018 Jan 1;2018:bay119. doi: 10.1093/database/bay119

16. Fraussen J, Claes N, van Wijmeersch B, et al. B cells of multiple sclerosis patients induce autoreactive proinflammatory T cell responses. Clin Immunol. 2016 Dec;173:124-32. doi: 10.1016/j.clim.2016.10.001. Epub 2016 Oct 4.

17. Smets I, Fiddes B, Garcia-Perez JE, et al. Multiple sclerosis risk variants alter expression of co-stimulatory genes in B cells. Brain. 2018 Mar 1;141(3):786-96. doi: 10.1093/brain/awx372

18. Lill CM, Schjeide BM, Graetz C, et al. MANBA, CXCR5, SOX8, RPS6KB1 and ZBTB46 are genetic risk loci for multiple sclerosis. Brain. 2013 Jun;136(Pt 6):1778-82. doi: 10.1093/brain/awt101

19. Abdollah Zadeh R, Jalilian N, Sahraian MA, et al. Polymorphisms of RPS6KB1 and CD86 associates with susceptibility to multiple sclerosis in Iranian population. Neurol Res. 2017 Mar;39(3):217-22. doi: 10.1080/01616412.2016.1278108. Epub 2017 Jan 12.